Малко се знае за историята по угандийските земи преди пристигането на първите неафриканци, въпреки че е известно, че хора живеят тук от I хилядолетие пр.н.е. Когато арабите и европейците пристигат през 19 век, те попадат на много царства в района, които може би са създадени през 16 век. Най-голямото и най-важното от тези царства е все още съществуващото царство Буганда.

Уганда става протекторат на Обединеното кралство през 1894 г. Получава независимост през 1962 г.

След преврат от 1971 г. Иди Амин получава властта в Уганда и управлява като диктатор през идващото десетилетие. Управлението му довежда до смъртта на 300 000 угандийци. Свален е след танзанийска инвазия през 1979 г. Ситуацията леко се подобрява с идването на Милтън Оботе, чието президентство приключва през 1985 г., въпреки че бунтовниците продължават да се бият дълго след това. Днешният президент Йовери Мусевени е на власт от 1986 г.